A Secretaria de Administração Penitenciária e Ressocialização (Seap), criada através da Lei nº 12.212 de 04 de maio de 2011, com a finalidade de formular políticas de ações penais e de ressocialização de sentenciados, bem como de planejar, coordenar e executar, em harmonia com o Poder Judiciário os serviços penais do Estado, por que o governo entendeu que o sistema penitenciário e de penas e medidas alternativas tem natureza peculiar e exige o estabelecimento de melhores condições de retorno das pessoas em conflito com a lei, sejam elas, privadas da liberdade ou beneficiários das penas e medidas alternativas, à sociedade.
A administração penitenciária no Estado da Bahia, remonta ao período republicano no Brasil quando é criada a pasta do Interior, Justiça e Instrução Pública. Na segunda metade do século 20, o sistema penitenciário foi incluído à esfera de competência da recém-criada Secretaria da Justiça (Lei nº 2.321/1966) a qual, através do Departamento de Assuntos Penais (DAP), passa a administrar as três unidades que compõem o sistema: Penitenciária Lemos Brito, Manicômio Judiciário e Casa de Detenção (Lei nº 2.321 - 1966), com a finalidade de “organizar, manter, dirigir e executar os serviços penitenciários do Estado. Com a edição da Lei nº 4.697 de 15 de julho de 1987, a nomenclatura da Secretaria de Justiça (SJ), passa para Secretaria da Justiça e Direitos Humanos (SJDH), acrescida de 3 novos órgãos colegiados representativos de importantes segmentos sociais: Conselho Estadual de Defesa dos Direitos da Mulher, Conselhos de Desenvolvimento da Comunidade Negra, e de Proteção aos Direitos Humanos.
Registre-se ainda a criação do Presídio Regional de Jequié (Lei nº 7.144, de 05 de agosto de 1997), Presídio Regional de Feira de Santana, a alteração da nomenclatura do Manicômio Judiciário para Hospital de Custódia e Tratamento (Lei n° 6.074/22, de 22 de maio de 1991). O Departamento de Assuntos Penais (DAP) - passa a denominar-se Superintendência de Assuntos Penais (SAP) - através da Lei nº 7.435, de 30 de dezembro de 1998, regulamentada pelo Decreto nº 7.521, de 08 de fevereiro de 1999.
Na primeira década do século XXI, com a publicação da Lei nº 10.549 de 28 de dezembro de 2006, a SJDH incorpora o substantivo "cidadania"e passa a se designar Secretaria de Justiça, Cidadania e Direitos Humanos (SJCDH). Neste período, foram criados na estrutura organizacional da SAPo Conjunto Penal de Teixeira de Freitas, no município do mesmo nome (Lei nº 7.621, de 05 de abril de 2000); o Conjunto Penal de Valença (Lei n° 8.353, de 05 de setembro de 2002); e os Presídios de Eunápolis e o de Vitória da Conquista, ambos pela Lei n° 11.903 de 23 de abril de 2010, quando o complexo penitenciário do Estado passa a atuar com vinte e três unidades prisionais e uma central médica penitenciária. Nessa mesma década, foi criada a Central de Apoio e Acompanhamento às Penas e Medidas Alternativas (Ceapa) que iniciou suas ações mediante parceria entre o Ministério da Justiça com a Secretaria da Justiça e Direitos Humanos do Estado da Bahia, intermediado porconvênio com o Conselho Arbitral da Bahia, que garantiu seu funcionamento até 05 de setembro de 2007. Neste mesmo ano, o governo do Estado publica em 05 de setembro a Lei nº 10.693 quecria a Centralpara fortalecer a política pública de penas e medidas alternativas, e em seguida, mais 15 (quinze) núcleos de apoio e acompanhamento às penas e medidas alternativas, os quais funcionam nas cidades-pólo de Barreiras, Bom Jesus da Lapa, Feira de Santana, Ipirá, Ilhéus, Jequié, Juazeiro, Teixeira de Freitas, Valença e Vitória da Conquista (Lei nº 11.042 de 09 de maio de 2008), Serrinha, Brumado, Paulo Afonso e Cruz das Almas (Lei nº 12.827 de 04 de julho de 2013), e Senhor do Bonfim, mediante convênio celebrado entre a Prefeitura Municipal dessa localidade e a Seap, em 2014.